Coraz częściej w polskich szkołach mają miejsce różnego rodzaju działania wymierzone w uczniów uczęszczających na lekcje religii bądź w inny sposób manifestujących swoją wiarę. Dochodzi do przypadków, że pojedynczy rodzice bezprawnie usiłują uniemożliwić np. organizację jasełek, umieszczenie na korytarzu świątecznej gazetki o treściach religijnych, czy zorganizowanie spotkania z biskupem Kościoła katolickiego. Próbuje się także kwestionować charakter lekcji religii jako przedmiotu równoprawnego w stosunku do innych. Wszystkie tego typu inicjatywy wprost sprzeciwiają się przepisom obowiązującego w Polsce prawa, w tym Konstytucji RP. Instytut Ordo Iuris przygotował analizę na ten temat.
Władze szkolne mają obowiązek zapewnić uczniom i rodzicom możliwość korzystania z przysługującej im wolności sumienia i religii na terenie szkoły. Mimo to, w niektórych szkołach dochodzi do dyskryminowania uczniów uczęszczających na lekcje religii, np. poprzez próby wymuszenia na dyrekcji szkoły umieszczenia tych zajęć wyłącznie na początku lub końcu codziennego rozkładu lekcji. Tego typu inicjatywy są podejmowane także przez przedstawicieli samorządu terytorialnego, np. radnych miejskich lub prezydentów miast. Istotą takich działań – niemających jakichkolwiek podstaw w obowiązujących przepisach prawa – jest założenie, że lekcje religii, ze względu na swój w przeważającej mierze wyznaniowy charakter, powinny być traktowane inaczej (w domyśle gorzej), niż inne przedmioty szkolne. Żądania te są bezprawne, a ich wprowadzenie w życie skutkowałoby dyskryminacją uczniów i rodziców ze względu na wyznawaną religię.
Zgodnie z polskim prawem każdy rodzic (w przypadku ucznia pełnoletniego on sam) ma prawo złożyć dyrekcji szkoły oświadczenie o chęci uczęszczania dziecka na lekcje religii wybranego kościoła lub związku wyznaniowego. W takiej sytuacji na dyrekcji ciąży obowiązek organizacji takich zajęć – w zależności od liczby zainteresowanych uczniów – na terenie szkoły, w grupie międzyszkolnej lub pozaszkolnym punkcie katechetycznym. Jednocześnie, w momencie złożenia oświadczenia o uczęszczaniu na tego typu zajęcia, stają się one obowiązkowe dla ucznia, który je wybrał. Ponieważ lekcja religii (jedyny przedmiot nauczania szkolnego wymieniony w Konstytucji) stanowi element systemu oświaty musi być traktowana na równi z każdym innym przedmiotem nauczanym w szkole. Niezgodne z prawem jest więc różnicowanie sytuacji uczniów uczęszczających na lekcje religii – jak i samego przedmiotu – wyłącznie na tej podstawie, że ma on wyznaniowy charakter.
„Edukacja religijna jest równouprawniona w stosunku do innych zajęć szkolnych, stąd przy układaniu planu lekcji należy wziąć ją pod uwagę, na takich samych zasadach, jak wszystkie inne przedmioty. Jakiekolwiek odstępstwa od tej zasady mogą prowadzić do dyskryminacji uczniów i rodziców, a tym samym powinny spotkać się ze stosowną reakcją władz oświatowych” – zaznaczył Konrad Dyda, ekspert Centrum Analiz Ordo Iuris.